Doxygen でドキュメントに出力対象ではない C# メソッドにおいて、警告メッセージが表示されていました。
WARN_AS_ERROR を YES にすると、警告がエラーとして扱われてしまうため、該当部分のコードを Doyxgen から除外させることで警告を回避しました。